Leczenie stwardnienia rozsianego interferonem beta wiąże się z ryzykiem rozwoju odpowiedzi immunologicznej przeciw temu białku. Polega ona na produkcji przeciwciał wiążących lub neutralizujących interferon beta. Przeciwciała wiążące są wykrywalne u większości leczonych i nie wpływają na skuteczność terapii. Jednocześnie duże badania kliniczne dostarczają dowodów na to, że przeciwciała neutralizujące zmniejszają, a w wysokich mianach znoszą działanie interferonu, co przekłada się na wzrost częstości rzutów oraz liczby nowych i wzmacniających się ognisk w badaniach rezonansu magnetycznego, a nawet przyspieszenie postępu niesprawności. Częstość występowania przeciwciał neutralizujących zależy od preparatu i drogi podania oraz dotyczy od 2 do 42% osób leczonych; maksimum osiąga między 6. a 24. miesiącem terapii. Przeciwciała neutralizujące mogą być obecne przejściowo (po ich zaniknięciu skuteczność interferonu powraca do poziomu wyjściowego), ale wysokie miano zapowiada ich wieloletnie utrzymywanie się, nawet po odstawieniu leku. Opracowano różne sposoby wykrywania przeciwciał neutralizujących – od metod wykorzystujących efekt cytopatyczny do tych opartych na indukcji genu reporterowego lucyferazy. Poszukuje się wiarygodnych markerów aktywności interferonu beta in vivo, które mogłyby uzupełniać oznaczenie przeciwciał. Przez wiele lat zagadnieniu przeciwciał przeciwinterferonowych towarzyszyły kontrowersje, które wynikały z trudności metodologicznych w badaniu ich znaczenia klinicznego. Obecnie, w świetle zgromadzonych danych, eksperci europejscy zgodnie zalecają powtarzane przesiewowe badanie miana przeciwciał neutralizujących u chorych leczonych interferonem i uwzględnienie wyników przy podejmowaniu decyzji terapeutycznych.