Celem leczenia stwardnienia rozsianego w postaci rzutowo-remisyjnej jest uzyskanie maksymalnego efektu klinicznego w postaci zmniejszenia liczby lub ustąpienia rzutów choroby i braku progresji niewydolności ruchowej przy minimalnej bądź zerowej aktywności obserwowanej w tomografii rezonansu magnetycznego. Leczenie należy rozpocząć jak najwcześniej, tak aby udało się ograniczyć proces zapalno-autoimmunologiczny, prowadzący do zmian neurodegeneracyjnych. Istnieje szereg leków I linii, które stosuje się na początku choroby, takich jak interferon beta i octan glatirameru. Do tej grupy w ostatnim czasie zostały wprowadzone leki doustne, m.in. fumaran dimetylu i teriflunomid. Cechują się one dobrym profilem bezpieczeństwa i umiarkowaną skutecznością. W przypadku braku skuteczności leków I linii stosuje się leki II linii, np. natalizumab czy fingolimod. Poglądy na to, kiedy należy włączać kurację lekami II linii i jakie substancje stosować, nieustannie ewoluują, a zalecenia niekiedy różnią się w zależności od kraju. Przykładem może być fingolimod – zaaprobowany przez European Medicines Agency jako lek II linii, podczas gdy Food and Drug Administration zaaprobowała go jako lek I linii w rzutowo-remisyjnej postaci stwardnienia rozsianego. Wybór konkretnego leku powinien uwzględniać aktywność choroby, skuteczność dotychczasowej terapii, współistniejące schorzenia oraz potencjalne objawy uboczne.